معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Package to calculate a distance matrix from a multiple sequence file

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	FastaDist-1.0.1
نام	FastaDist
نسخه کتابخانه	1.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Anthony Underwood
ایمیل نویسنده	au3@sanger.ac.uk
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/FastaDist/
مجوز	MIT

## FastaDist ![build](https://gitlab.com/antunderwood/fastadist/badges/master/pipeline.svg) ![coverage](https://gitlab.com/antunderwood/fastadist/badges/master/coverage.svg?job=coverage) [Github repository](https://gitlab.com/antunderwood/fastadist) This small utility package will calculate number of differences between all samples in a fasta alignment file. It will count any position where there is a G,A,T or C (case insensitive) in both sequences that differ as 1 SNV. Output formats are a square distance matrix in tsv, csv or phylip formats It is fast since it first converts sequences to bit arrays and then uses fast bit operations to calculate the differences. On a mid-range laptop a distance matrix was produced in 11 minutes from a 764 sequence alignment of length 1,082,859 using -p 1 and 4.5 minutes with -p 4 #### Installation FastaDist is available as [PyPi](https://pypi.org/project/FastaDist/) package for Python3 ``` pip3 install fastadist ``` #### Usage ``` usage: fastadist [-h] -i ALIGNMENT_FILEPATH [-t TREE_FILEPATH] -o OUTPUT_FILEPATH [-f FORMAT] [-p PARALLEL_PROCESSES] [-v] A script to calculate distances by converting sequences to bit arrays. Specify number of processes as -p N to speed up the calculation optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i ALIGNMENT_FILEPATH, --alignment_filepath ALIGNMENT_FILEPATH path to multiple sequence alignment input file -t TREE_FILEPATH, --tree_filepath TREE_FILEPATH path to newick tree for distance matrix ordering -o OUTPUT_FILEPATH, --output_filepath OUTPUT_FILEPATH path to distance matrix output file -f FORMAT, --format FORMAT output format for distance matrix (one of tsv [default], csv and phylip -p PARALLEL_PROCESSES, --parallel_processes PARALLEL_PROCESSES number of parallel processes to run (default 1) -v, --version print out software version ```

نیازمندی

مقدار	نام
-	biopython
-	bitarray
-	parmap
-	tqdm
-	dendropy

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl FastaDist-1.0.1:

pip install FastaDist-1.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz FastaDist-1.0.1:

pip install FastaDist-1.0.1.tar.gz