معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Fast Assembler Workflow for MitoGenome

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	FastMitoAssembler-1.0.3
نام	FastMitoAssembler
نسخه کتابخانه	1.0.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	suqingdong
ایمیل نویسنده	suqingdong1114@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/suqingdong/FastMitoAssembler
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/FastMitoAssembler/
مجوز	MIT License

# Fast Assembler Workflow for MitoGenome > `FastMitoAssembler` is a software for fast, accurate assembly of mitochondrial genomes and generation of annotation documents. ### Installation #### 1. create environment ```bash # method 1: use conda [slowly and need large resources] conda env create -f environment.yml # method 2: use mamba [*recommended*] conda install mamba -c conda-forge -y mamba env create -f environment.yml # method 3: install manually conda config --add channels yccscucib conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge mamba create -n FastMitoAssembler -y python==3.9.* mamba install -n FastMitoAssembler -y snakemake mamba install -n FastMitoAssembler -y NOVOPlasty mamba install -n FastMitoAssembler -y GetOrganelle mamba install -n FastMitoAssembler -y spades mamba install -n FastMitoAssembler -y blast mamba install -n FastMitoAssembler -y mitoz mamba install -n FastMitoAssembler -y seqkit mamba install -n FastMitoAssembler -y meangs mamba install -n FastMitoAssembler -y click mamba install -n FastMitoAssembler -y jinja2 mamba install -n FastMitoAssembler -y pyyaml source $(dirname `which conda`)/activate FastMitoAssembler python -m pip insatll genbank ``` #### 2. activate environment ```bash source $(dirname `which conda`)/activate FastMitoAssembler ``` #### 3. install FastMitoAssembler ```bash python -m pip install -U FastMitoAssembler # or python -m pip install -U dist/FastMitoAssembler*whl ``` ### Prepare Database ```bash FastMitoAssembler prepare # 1. prepare ete3.NCBITaxa FastMitoAssembler prepare ncbitaxa # download taxdump.tar.gz automaticlly FastMitoAssembler prepare ncbitaxa --taxdump_file taxdump.tar.gz # 2. prepare database for GetOrganelle FastMitoAssembler prepare organelle --list # list configured databases FastMitoAssembler prepare organelle -a animal_mt # config a single database FastMitoAssembler prepare organelle -a animal_mt -a embplant_mt # config multiple databases FastMitoAssembler prepare organelle -a all # config all databases ``` ### Run Workflow `config.yaml` example: ```yaml reads_dir: '../data/' samples: ['2222-4'] fq_path_pattern: '{sample}/{sample}_1.clean.fq.gz' # the reads 1 path pattern relative to `reads_dir` ``` see the main Snakefile and Template configfile with: `FastMitoAssembler --help` #### Use with Client ```bash FastMitoAssembler --help FastMitoAssembler run --help # run with configfile [recommended] FastMitoAssembler run --configfile config.yaml # run with parameters FastMitoAssembler run --reads_dir ../data --samples S1 --samples S2 # set cores FastMitoAssembler run --configfile config.yaml --cores 8 # dryrun the workflow FastMitoAssembler run --configfile config.yaml --dryrun ``` #### Use with Snakemake ```bash # the `main.smk` and `config.yaml` template can be found with command: `FastMitoAssembler` snakemake -s /path/to/FastMitoAssembler/smk/main.smk -c config.yaml --cores 4 snakemake -s /path/to/FastMitoAssembler/smk/main.smk -c config.yaml --cores 4 --printshellcmds snakemake -s /path/to/FastMitoAssembler/smk/main.smk -c config.yaml --printshellcmds --dryrun ``` #### Use with Docker [docker-readme](./docker/README.md) ### Example Results Directory - `[*]` represents the main result ``` result/ └── 2222-4 ├── 1.MEANGS │ ├── 2222-4 │ ├── 2222-4_deep_detected_mito.fas [*] │ └── scaffold_seeds.fas ├── 2.NOVOPlasty │ ├── config.txt │ ├── Contigs_1_2222-4.fasta │ ├── 2222-4.novoplasty.fasta [*] │ ├── contigs_tmp_2222-4.txt │ └── log_2222-4.txt ├── 3.GetOrganelle │ ├── 2222-4_1.5G.fq.gz │ ├── 2222-4_2.5G.fq.gz │ ├── 2222-4.fq1.stats.txt │ ├── animal_mt.get_organelle.fasta [*] │ └── organelle └── 4.MitozAnnotate ├── 2222-4.animal_mt.get_organelle.fasta.result [*] └── tmp_2222-4_animal_mt.get_organelle.fasta_mitoscaf.fa ``` ##### Softwares Used - [MEANGS](https://github.com/YanCCscu/meangs) - [NOVOplasty](https://github.com/Edith1715/NOVOplasty) - [GetOrganelle](https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle) - [SPAdes](https://github.com/ablab/spades) - [MitoZ](https://github.com/linzhi2013/MitoZ) - [NCBI-Blast](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/downloadblastdata.html)

نیازمندی

مقدار	نام
-	click
-	jinja2
-	pyyaml
-	snakemake

نحوه نصب

نصب پکیج whl FastMitoAssembler-1.0.3:

pip install FastMitoAssembler-1.0.3.whl

نصب پکیج tar.gz FastMitoAssembler-1.0.3:

pip install FastMitoAssembler-1.0.3.tar.gz