معرفی شرکت ها

FRETlines-0.0.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.5
0.0.4
0.0.5
0.0.4

توضیحات

Package for the calculation of FRET-lines
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل FRETlines-0.0.5
نام FRETlines
نسخه کتابخانه 0.0.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Anders Barth
ایمیل نویسنده anders.barth@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/Fluorescence-Tools/FRETlines
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/FRETlines/
مجوز -
# FRET-lines generator This is a small Python3 package for the calculation of FRET-lines for use in single-molecue FRET experiments using multiparameter fluorescence detection<sup>[1]</sup>. These experiments are analyzed using two-dimensional histograms of the FRET efficiency, *E*, and the intensity-weighted average donor fluorescence lifetime, <&tau;<sub>D(A)</sub>><sub>F</sub>. FRET-lines define relationships between these two observables for different physical models of the system that can be overlayed on the plot for comparison to the experimental data<sup>[2]</sup>. For an ideal system, the two observables are related by the *ideal static FRET-line*: *E* = 1- <&tau;<sub>D(A)</sub>><sub>F</sub>/&tau;<sub>D(0)</sub> where &tau;<sub>D(0)</sub> is the donor only fluorescence lifetime. To model the influence of the flexible dye linkers, static FRET-lines can be generated based on a normal or &chi; distribution for the interdye distance. In addition, two polymer models are implemented: the random coil (or Gaussian chain) and the worm-like chain (WLC). Dynamic FRET-lines characterize the exchange between distinct conformations and show as a curve connecting two points on the static FRET-line. An example is given below. ![Example of a dynamic FRET-line](/docs/dynamic_FRET_line.png) # Usage The usage of the package is demonstrated in the associated [Jupyter Notebook.](https://github.com/AndersBarth/FRETlines/blob/master/FRETlines.ipynb) # Installation The FRETlines package can either be run from the root folder, or be installed to your local Python installation by `python setup.py install`. It is also available through PyPI by `pip install FRETlines`. ## Dependencies numpy, numba (for the interactive notebook: ipywidgets) # References [1] Eggeling C, et al. (2001) Data registration and selective single-molecule analysis using multi-parameter fluorescence detection. Journal of Biotechnology 86(3):163–180. [2] Kalinin S, Valeri A, Antonik M, Felekyan S, Seidel CAM (2010) Detection of structural dynamics by FRET: a photon distribution and fluorescence lifetime analysis of systems with multiple states. J Phys Chem B 114(23):7983–7995. FRETlines generator - A python library for the calcualtion of FRETlines Copyright (C) 2020 Anders Barth


نحوه نصب


نصب پکیج whl FRETlines-0.0.5:

    pip install FRETlines-0.0.5.whl


نصب پکیج tar.gz FRETlines-0.0.5:

    pip install FRETlines-0.0.5.tar.gz