معرفی شرکت ها

EpigeneticPacemaker-0.0.3

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.3
0.0.3
0.0.2
0.0.1

توضیحات

Epigenetic State Modeling Utility
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل EpigeneticPacemaker-0.0.3
نام EpigeneticPacemaker
نسخه کتابخانه 0.0.3
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Colin P. Farrell, Sagi Snir
ایمیل نویسنده colinpfarrell@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/NuttyLogic/EpigeneticPacemaker
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/EpigeneticPacemaker/
مجوز MIT
# Epigenetic Pacemaker ## A fast conditional expectation maximization algorithm for modeling epigenetic state DNA methylation is widely used to model physiological phenotypes, such as aging[1](https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-10-r115) and type II diabetes[2](https://doi.org/10.1093/hmg/ddy093). The epigenetic pacemaker, **EPM**, is an implementation of a fast conditional expectation maximization algorithm used to model epigenetic states associated with a phenotype of interest [3](https://doi.org/10.2217/epi-2017-0130) The EPM was first introduced by Snir et al. [4](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005183) as an extension of the Universal Pacemaker (UPM). The EPM can model non-linear epigenetic trait associations directly without transformation of the phenotype of interest[5](https://doi.org/10.1080/15592294.2019.1623634). ## Installation ```shell pip3 install EpigeneticPacemaker ``` ## Documentation [epigeneticpacemaker.readthedocs.io](https://epigeneticpacemaker.readthedocs.io/en/latest/) ## Citations 1. [Horvath, S. DNA methylation age of human tissues and cell types. Genome Biol. 14, R115 (2013).](https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-10-r115) 2. [Orozco, L. D. et al. Epigenome-wide association in adipose tissue from the METSIM cohort. Hum. Mol. Genet. 0, 223495 (2018).](https://doi.org/10.1093/hmg/ddy093) 3. [Snir, S. & Pellegrini, M. An epigenetic pacemaker is detected via a fast conditional expectation maximization algorithm. 10, 695–706 (2018).](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005183) 4. [Snir, S., vonHoldt, B. M. & Pellegrini, M. A Statistical Framework to Identify Deviation from Time Linearity in Epigenetic Aging. PLoS Comput. Biol. 12, 1–15 (2016).](https://doi.org/10.2217/epi-2017-0130) 5. [Snir, S., Farrell, C. & Pellegrini, M. Human epigenetic ageing is logarithmic with time across the entire lifespan. Epigenetics (2019). doi:10.1080/15592294.2019.1623634](https://doi.org/10.1080/15592294.2019.1623634)


نیازمندی

مقدار نام
>=1.16.3 numpy
>=4.31.1 tqdm
>=1.3.0 scipy


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl EpigeneticPacemaker-0.0.3:

    pip install EpigeneticPacemaker-0.0.3.whl


نصب پکیج tar.gz EpigeneticPacemaker-0.0.3:

    pip install EpigeneticPacemaker-0.0.3.tar.gz