معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Scripts to type and compare assemblies based off of Enterobase schemes

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	EnteroTyper-0.1.7
نام	EnteroTyper
نسخه کتابخانه	0.1.7
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Forest Dussault
ایمیل نویسنده	forest.dussault@canada.ca
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/BFSSI-Bioinformatics-Lab/EnteroTyper
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/EnteroTyper/
مجوز	-

[![Build Status](https://travis-ci.org/BFSSI-Bioinformatics-Lab/EnteroTyper.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/BFSSI-Bioinformatics-Lab/EnteroTyper) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/EnteroTyper.svg)](https://badge.fury.io/py/EnteroTyper) # EnteroTyper This is a set of scripts to type assemblies according to schemes retrieved from Enterobase. Enterobase databases can be manually retrieved with [EnterobasePull](https://github.com/bfssi-forest-dussault/EnterobasePull). Database files retrieved from Enterobase can be automatically formatted via makeblastdb by the typer script. ## Requirements - Python >= 3.6 - [ncbi-blast+](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download) (makeblastdb and blastn must be in your $PATH) - [MUSCLE](https://www.drive5.com/muscle/) (muscle must be in your $PATH) ### Installation ``` pip install EnteroTyper ``` ## Usage ### Calling EnteroTyper ``` Usage: enterotyper [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... EnteroTyper is a suite of tools to type and evaluate assemblies with Enterobase typing schemes. Options: --help Show this message and exit. Commands: bulk Runs typer on many samples simultaneously compare Compares sequence types across samples processed by typer concatenate Concatenate sequences from report files generated by typer typer Types an assembly based on a given Enterobase scheme ``` ### Single-sample Usage ``` Usage: enterotyper typer [OPTIONS] Types an assembly based on an Enterobase scheme Options: -i, --input_assembly PATH Path to input assembly in FASTA format [required] -db, --database PATH Path to your MLST database [required] -o, --outdir PATH Root directory to store all output files [required] --create_db Set this flag to create the blastDB files using makeblastdb in the specified database directory.Will re-create the database files if they are already present. -v, --verbose Set this flag to enable more verbose logging. --version Specify this flag to print the version and exit. --help Show this message and exit. ``` ### Multi-sample Usage ``` Usage: enterotyper bulk [OPTIONS] Runs typer on many samples simultaneously Options: -i, --input_dir PATH Path to directory containing FASTA assemblies [required] -db, --database PATH Path to your MLST database [required] -o, --outdir PATH Root directory to store all output files [required] --create_db Set this flag to create the blastDB files using makeblastdb in the specified database directory.Will re-create the database files if they are already present. -v, --verbose Set this flag to enable more verbose logging. --version Specify this flag to print the version and exit. --help Show this message and exit. ``` ### Sequence Concatenation ``` Usage: enterotyper concatenate [OPTIONS] [TARGETS]... Takes a list of target *.BLASTn_Detailed_Report.tsv files, followed by several options. Extracts sequences from the BLASTn report files as FASTA files, aligns them all with MUSCLE, and then concatenates all sequences into a single FASTA. Options: -o, --outdir PATH Root directory to store all output files [required] -db, --database PATH Path to your MLST database [required] -v, --verbose Set this flag to enable more verbose logging. --help Show this message and exit. ``` ### Sequence Comparison ``` Usage: enterotyper compare [OPTIONS] [TARGETS]... Takes a list of target *.cgMLST_Allele_Report.tsv files as input. Number of mismatches will be indicated in output files - a zero means no mismatches between types. Options: -o, --outdir PATH Root directory to store all output files [required] -v, --verbose Set this flag to enable more verbose logging. --help Show this message and exit. ```

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
~=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl EnteroTyper-0.1.7:

pip install EnteroTyper-0.1.7.whl

نصب پکیج tar.gz EnteroTyper-0.1.7:

pip install EnteroTyper-0.1.7.tar.gz