معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A package to predict emulsifying potential of peptides

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	EmulsiPred-0.0.1.1
نام	EmulsiPred
نسخه کتابخانه	0.0.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Paolo Marcatili, Tobias Olsen, Egon Hansen
ایمیل نویسنده	pamar@dtu.dk
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/MarcatiliLab/EmulsiPred
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/EmulsiPred/
مجوز	-

# EmulsiPred Prediction of Emulsifying Peptides, based on protein sequences (in fasta format) and their corresponding results from NetSurfP-2 (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetSurfP/). The NetSurfP-2 file should be in the NetSurfP-1 Format (retrieved when clicking 'Export All' in the upper right side of NetSurfP's 'Server Output' window). #### Prerequisites and installation The package can either be cloned from github and installed locally or installed with pip. In both cases, python-3.6 or higher needs to be installed on your PC. Additionally, it is recommended to install the package in a new environment. The following commands are run in the command line. 1: Set up a new environment. ~~~.sh python3 -m venv EmulsiPred_env ~~~ 2: Enter (activate) the environment. ~~~.sh source EmulsiPred_env/bin/activate ~~~ 3a: Install EmulsiPred within the activated environment with pip. ~~~.sh pip install EmulsiPred ~~~ 3b: Install EmulsiPred by installing from github with pip. ~~~.sh pip install "git+https://github.com/MarcatiliLab/EmulsiPred.git" ~~~ After either running 3a or 3b EmulsiPred is installed within the activated environment (in our case EmulsiPred_env). --- #### Running EmulsiPred After installation, EmulsiPred can be run from the terminal or within a python script. As mentioned above, EmulsiPred requires 2 inputs. 1) A fasta file containing the protein sequences to check for emulsifiers (termed sequence.fsa). 2) A NetSurfP file containing secondary structure information of the sequences in sequence.fsa (termed netsurfp.txt) Additionally, there are also 3 variable parameters. 1) o (out_dir): Output directory (default is the current directory). 2) nr_seq: Results will only include peptides present in this number of sequences or higher (default 1). 3) ls (lower score): Results will only include peptides with a score higher than this score (default 2). EmulsiPred can be run directly in the terminal with the following command. ~~~.sh python -m EmulsiPred -s path/to/sequence.fsa -n path/to/netsurfp.txt -o path/to/out_dir --nr_seq 1 --ls 2 ~~~ Furthermore, it can be imported and run in a python script. ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~python import EmulsiPred as ep ep.EmulsiPred(sequences='path/to/sequence.fsa', netsurfp_results='path/to/netsurfp.txt', out_dir='path/to/out_dir', nr_seq=1, lower_score=2) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ #### Interpretation of predictions The predicted values are a relative ordering of the peptides by chance of being an emulsifier. In other words, a higher score implies a higher chance of being an emulsifier.

نیازمندی

مقدار	نام
==1.17.4	numpy
==0.25.3	pandas
==2.8.1	python-dateutil
==2019.3	pytz
==1.13.0	six

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl EmulsiPred-0.0.1.1:

pip install EmulsiPred-0.0.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz EmulsiPred-0.0.1.1:

pip install EmulsiPred-0.0.1.1.tar.gz