معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

EM align

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	EMalign-1.0.4
نام	EMalign
نسخه کتابخانه	1.0.4
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Yoel Shkolnisky
ایمیل نویسنده	yoelsh@tauex.tau.ac.il
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/ShkolniskyLab/EMalign
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/EMalign/
مجوز	GNU General Public License v3.0

<h1>emalign</h1> A algorithm for aligning rotation, reflection, and translation between volumes. Current version: 1.0.4 Project's homepage: https://github.com/ShkolniskyLab/emalign Date: 12/2022 Please cite the following paper when using this package: Harpaz, Y., & Shkolnisky, Y. (2023). Three-dimensional alignment of density maps in cryo-electron microscopy. Biological Imaging, 3, E8. doi:10.1017/S2633903X23000089 <h2>Recommended Environments:</h2> The package has been tested on Ubuntu 18.04 and Windows 10. It should probably work on other versions of Windows and Linux, but has not been tested on them yet. Similarly for macOS. * Python 3.6.0+ is required. * The package makes use of the pyfftw package, which in turn uses the FFTW library. Before installing emalign make sure you have the FFTW library installed on your system: http://www.fftw.org/fftw3_doc/Installation-and-Customization.html#Installation-and-Customization <h2>Install emalign</h2> <h3>Install emalign via pip:</h3> We recommend installing emalign via pip: $ pip install emalign <h3>Install emalign from source</h3> The tarball of the source tree is available via pip download emalign. You can install emalign from the tarball: $ pip install emalign-x.x.x.tar.gz You can also install the development version of emalign from a cloned Git repository: $ git clone https://github.com/ShkolniskyLab/emalign.git $ cd emalign $ pip install . <h2>Uninstall emalign</h2> Use pip to uninstall emalign: $ pip uninstall emalign <h2>Upgrade emalign</h2> Just use pip with -U option: $ pip install -U emalign <h2>Getting started:</h2> Please read the user manual for usage instructions, available at the homepage of the project on Github: https://github.com/ShkolniskyLab/emalign <h2>Basic usage:</h2> Generate test data via $ emalign --make-test-data -v This will download EMD-2660 from EMDB (https://www.ebi.ac.uk/emdb/), downsample it to size 129 pixels (with pixel size 3.74A), and save the downsampled map into map_ref_2660.mrc. The function then rotates and shifts the map (see log messages for the exact transformation parameters) and saves the transformed map to map_transformed_2660.mrc. These two maps can be used to test the alignment algorithm. Run the alignment algorithm via $ emalign -v1 ./map_ref_2660.mrc -v2 ./map_transformed_2660.mrc -o ./map_aligned_2660.mrc -v The algorithm will align v2 to v1, saving the aligned map. Type ``` $ emalign -h ``` for help.

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.16	numpy
-	mrcfile
>=1.3	scipy
-	pyfftw
-	finufft

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
~=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl EMalign-1.0.4:

pip install EMalign-1.0.4.whl

نصب پکیج tar.gz EMalign-1.0.4:

pip install EMalign-1.0.4.tar.gz