معرفی شرکت ها
EMBL2checklists-0.6
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Converts EMBL- or GenBank-formatted flatfiles to submission checklists (i.e., tab-separated spreadsheets) for submission to ENA via the interactive Webin submission system
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | EMBL2checklists-0.6 |
| نام | EMBL2checklists |
| نسخه کتابخانه | 0.6 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Michael Gruenstaeudl, PhD |
| ایمیل نویسنده | m.gruenstaeudl@fu-berlin.de |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/michaelgruenstaeudl/EMBL2checklists |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/EMBL2checklists/ |
| مجوز | BSD |
*EMBL2checklists*
=================
[](https://ci.appveyor.com/api/projects/status/github/michaelgruenstaeudl/EMBL2checklists)
[](https://travis-ci.com/michaelgruenstaeudl/EMBL2checklists)
[](https://pypi.python.org/pypi/EMBL2checklists/)
[](https://pypi.python.org/pypi/EMBL2checklists/)
[](https://pypi.python.org/pypi/EMBL2checklists/)
[](https://pypi.python.org/pypi/EMBL2checklists/)
EMBL2checklists converts EMBL- or GenBank-formatted flat files to submission-ready checklists (i.e., tab-separated spreadsheets) for submission to [ENA](http://www.ebi.ac.uk/ena) via the interactive [Webin submission system](https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/sra/#home).
<!---
## FEATURES
* Foo
* Bar
* Baz
-->
## INPUT, OUTPUT AND PREREQUISITES
* **Input**: EMBL- or GenBank-formatted flatfile
* **Output**: tab-separated spreadsheet ("checklist")
* **Prerequisites**: Input flatfiles must have the DNA marker name (e.g., "matK", "ITS") as qualifier value for any of the defined key_features ("gene", "note", "product" or "standard_name").
## EXAMPLE USAGE
### On Linux / MacOS
#### Commandline Interface
```
$ EMBL2checklists_CLI \
-i example/input/example_trnK_matK.embl \
-o example/temp/example_trnK_matK.tsv \
-c trnK_matK \
-e no
```
#### GUI Interface
```
$ EMBL2checklists_GUI
```
### On Windows
#### GUI Interface
Simply double-click the file `EMBL2checklist_GUI.exe` as generated during the installation (see below).
## INSTALLATION
First, please be sure to have [Python 2.7 installed](https://www.python.org/downloads/) on your system. Then:
To get the most recent stable version of *EMBL2checklists*, run:
$ pip2 install EMBL2checklists
Or, alternatively, if you want to get the latest development version of *EMBL2checklists*, run:
$ pip install git+https://github.com/michaelgruenstaeudl/EMBL2checklists.git
<!---
## CITATION
Using EMBL2checklists in your research? Please cite it!
- Gruenstaeudl M., Hartmaring Y. (2018). EMBL2checklists: A Python package to facilitate the user-friendly submission of plant and fungal DNA barcoding sequences to ENA. bioRxiv: 435644. https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/05/435644
```
@article {Gruenstaeudl435644,
author = {Gruenstaeudl, Michael and Hartmaring, Yannick},
title = {EMBL2checklists: A Python package to facilitate the user-friendly submission of plant DNA barcoding sequences to ENA},
elocation-id = {435644},
year = {2018},
doi = {10.1101/435644},
URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/05/435644},
journal = {bioRxiv}
}
```
-->
## CHANGELOG
See [`CHANGELOG.md`](CHANGELOG.md) for a list of recent changes to the software.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | biopython |
| - | argparse |
نحوه نصب
نصب پکیج whl EMBL2checklists-0.6:
pip install EMBL2checklists-0.6.whl
نصب پکیج tar.gz EMBL2checklists-0.6:
pip install EMBL2checklists-0.6.tar.gz