معرفی شرکت ها
DuIvyTools-0.4.8
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A tool for GROMACS results analysis and visualization
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | DuIvyTools-0.4.8 |
| نام | DuIvyTools |
| نسخه کتابخانه | 0.4.8 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | CharlesHahn |
| ایمیل نویسنده | - |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/CharlesHahn/DuIvyTools |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/DuIvyTools/ |
| مجوز | - |
DuIvyTools
[](https://badge.fury.io/py/DuIvyTools)
[](https://duivytools.readthedocs.io/zh_CN/latest/?badge=latest)
[](https://github.com/CharlesHahn/DuIvyTools/compare/v0.4.7...master)
[](https://pypi.org/project/DuIvyTools)
```
******* ** ********** **
/**////** /** ** **/////**/// /**
/** /** ** **/** ** **//** ** /** ****** ****** /** ******
/** /**/** /**/**/** /** //*** /** **////** **////**/** **////
/** /**/** /**/**//** /** /** /**/** /**/** /**/**//*****
/** ** /** /**/** //**** ** /**/** /**/** /**/** /////**
/******* //******/** //** ** /**//****** //****** *** ******
/////// ////// // // // // ////// ////// /// //////
```
DuIvyTools (DIT) is a simple analysis and visualization tool for GROMACS result
files (.xvg, .xpm, .ndx, .mdp).
This tool can perform data visualization and convertion, and may be able to
cover daily simple tasks when analyzing results of molecular dynamics
simulations by GROMACS.
## Intro
The usage of DIT is similar to GMX, type `dit` and followed by commands and
parameters, like:
```bash
dit xvg_show -f test.xvg
dit xpm_show -f test.xpm -ip
```
Type `dit help` for more messages.
visit https://github.com/CharlesHahn/DuIvy/tree/master/Articles/20220310-DIT
for more introductions in Chinese.
## Install
This tool is a python3 library which you can install it by `pip`.
```bash
pip install DuIvyTools
```
## Commands
This tool contains quite a lot commands.
```
For XVG files:
xvg_show, xvg_compare, xvg_ave, xvg_mvave, xvg2csv, xvg_rama
xvg_show_distribution, xvg_show_stack, xvg_show_scatter
xvg_energy_compute, xvg_combine, xvg_ave_bar, xvg_box
For XPM files:
xpm_show, xpm2csv, xpm2dat, xpm2gpl
For NDX files:
ndx_show, ndx_rm_dup, ndx_rm, ndx_preserve
ndx_add, ndx_combine, ndx_rename
For MDP files:
mdp_gen
Others:
find_center, pipi_dist_ang, hbond, mol_map, dccm_ascii, dssp
Matplotlib Style:
show_style
You can type `dit help <command>` or `dit <command> -h` for more help messages
about each command, like: `dit help xvg_show` or `dit xvg_show -h`.
```
## Cite
[](https://doi.org/10.5281/zenodo.6339993)
## still working
- [x] hbond - merge, AND, OR
- [x] DSSP: SS vs AA
## further features in v0.5.0
- [ ] ! the parsing of files should be isolated from figure plotting
- [ ] ! re-design all arguments parsing part
- [ ] ! plotting engines: matplotlib, plotext, gnuplot
- [ ] ! Procedures
- [ ] ! tidy help info and documentation
- [ ] mdmat dmf.xpm
- [ ] Discrete xpm to csv, convert notes to numbers
- [ ] better output (color, error ... )
- [ ] use plotext to create plot in terminal !
- [ ] python test
- [ ] latex or format parser for matplotlib
- [ ] volume occupancy of ligand during MD
- [ ] build a GUI maybe (webapp?)
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | matplotlib |
| - | numpy |
| - | scipy |
| - | argparse |
| - | matplotlib |
| - | numpy |
| - | scipy |
| - | argparse |
نحوه نصب
نصب پکیج whl DuIvyTools-0.4.8:
pip install DuIvyTools-0.4.8.whl
نصب پکیج tar.gz DuIvyTools-0.4.8:
pip install DuIvyTools-0.4.8.tar.gz