معرفی شرکت ها

DigiPathAI-0.1.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.5
0.1.4
0.0.9
0.1.5

توضیحات

Deep Learning toolbox for WSI (digital histopatology) analysis
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل DigiPathAI-0.1.5
نام DigiPathAI
نسخه کتابخانه 0.1.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Avinash Kori, Haran Rajkumar
ایمیل نویسنده koriavinash1@gmail.com, haranrajkumar97@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/haranrk/DigiPathAI
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/DigiPathAI/
مجوز -
[![Codacy Badge](https://api.codacy.com/project/badge/Grade/cbc70e33c4a14effb4bc9dd5d5b25bb4)](https://app.codacy.com/manual/haranrk/DigiPathAI?utm_source=github.com&utm_medium=referral&utm_content=haranrk/DigiPathAI&utm_campaign=Badge_Grade_Dashboard) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/DigiPathAI.svg)](https://badge.fury.io/py/DigiPathAI) # DigiPathAI A software application built on top of [openslide](https://openslide.org/) for viewing [whole slide images (WSI)](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30307746) and performing pathological analysis ### Citation If you find this reference implementation useful in your research, please consider citing: ``` @article{khened2020generalized, title={A Generalized Deep Learning Framework for Whole-Slide Image Segmentation and Analysis}, author={Khened, Mahendra and Kori, Avinash and Rajkumar, Haran and Srinivasan, Balaji and Krishnamurthi, Ganapathy}, journal={arXiv preprint arXiv:2001.00258}, year={2020} } ``` # Features - Responsive WSI image viewer - State of the art cancer AI pipeline to segment and display the cancerous tissue regions # Application Overview <p align="center"> <img src="imgs/demo.gif"> </p> # Results <p align="center"> <img width="460" height="300" src="imgs/results_1.png"> </p> # Online Demo https://digipathai.tech/ # Installation Running of the AI pipeline requires a GPU and several deep learning modules. However, you can run just the UI as well. ## Just the UI ### Requirements - `openslide` - `flask` The following command will install only the dependencies listed above. ``` pip install DigiPathAI ``` ## Entire AI pipeline ### Requirements - `pytorch` - `torchvision` - `opencv-python` - `imgaug` - `matplotlib` - `scikit-learn` - `scikit-image` - `tensorflow-gpu >=1.14,<2` - `pydensecrf` - `pandas` - `wget` The following command will install the dependencies mentioned ``` pip install "DigiPathAI[gpu]" ``` Both installation methods install the same package, just different dependencies. Even if you had installed using the earlier command, you can install the rest of the dependencies manually. # Usage ## Local server Traverse to the directory containing the openslide images and run the following command. ``` digipathai <host: localhost (default)> <port: 8080 (default)> ``` ## Python API usage The application also has an API which can be used within python to perform the segmentation. ``` from DigiPathAI.Segmentation import getSegmentation prediction = getSegmentation(img_path, patch_size = 256, stride_size = 128, batch_size = 32, quick = True, tta_list = None, crf = False, save_path = None, status = None) ``` # Contact - Avinash Kori (koriavinash1@gmail.com) - Haran Rajkumar (haranrajkumar97@gmail.com)


نیازمندی

مقدار نام
- flask
- openslide-python
- torch
- torchvision
- opencv-python
- imgaug
- tqdm
- matplotlib
- scikit-learn
- scikit-image
<2,>=1.14 tensorflow-gpu
- pydensecrf
- tifffile
- pandas
- wget


نحوه نصب


نصب پکیج whl DigiPathAI-0.1.5:

    pip install DigiPathAI-0.1.5.whl


نصب پکیج tar.gz DigiPathAI-0.1.5:

    pip install DigiPathAI-0.1.5.tar.gz