معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Error supression and variant calling pipeline for Illumina sequencing data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	Dellingr-0.9.5
نام	Dellingr
نسخه کتابخانه	0.9.5
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Christopher Rushton
ایمیل نویسنده	ckrushto@sfu.ca
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/morinlab/Dellingr
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/Dellingr/
مجوز	-

[![Build Status](https://travis-ci.org/morinlab/Dellingr.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/morinlab/Dellingr) # Dellingr An error supression and variant calling pipeline for Second-Generation sequencing data ## Description See the full wiki page for more information: http://produse.readthedocs.io/en/latest/ ## Installation ### Dependencies You will need to install the following before installing Dellingr: * `python>=3.5` * `bwa>=0.7.0` * `samtools>=1.3.1` Dellingr will check these dependencies prior to running the pipeline To install the Dellingr package run the following command: ### Install using the Python Package Index (PyPI) ```bash pip install Dellingr ``` ### Install from Github ```bash git clone https://github.com/morinlab/Dellingr.git cd Dellingr python setup.py install ``` All required python dependencies will be installed during this step ## Running Dellingr ### The Analysis Pipeline: Very Quick Start You can view more detailed instructions on the [wiki](http://produse.readthedocs.io/en/latest/) All parameters required to run ProDuSe can be viewed using the following: ```bash dellingr run_dellingr -h ``` Alternatively, if you wish to run Dellingr without installing it, you can run `DellingrPipeline.py` manually in a similar manner: ```bash /path/to/Dellingr/DellingrPipeline.py -h ``` While these parameters can be specified individually, they can also be provided using a configuration file To run the analysis pipeline you simply need to run the following command: ```bash dellingr run_dellingr -c /path/to/github/clone/etc/dellingr_config.ini ``` Alternatively: ```bash /path/to/Dellingr/DellingrPipeline.py -c /path/to/github/clone/etc/dellingr_config.ini ``` This will run the entire Dellingr pipeline on all samples specified in the sample_config.ini file, which can be found in etc/sample_config.ini Results will be located in the following directory: ```bash ls ./dellingr_analysis_directory ``` ### Helper Scripts The Dellingr package is comprised of several stages to aid in the analysis of duplex sequencing data. These stages can be be viewed by running the following: ```bash dellingr -h ``` #### dellingr adapter_predict If you need to confirm the expected adapter sequence of a sample you should run the following command: ```bash dellingr adapter_predict -i input1.fastq input2.fastq ``` This tool will print a predicted adapter sequence based off of ACGT abundances at each position. It uses these observed abundances and finds the closest expected abundance for an IUPAC unambiguous or ambiguous base. #### External links [The Morin Laboratory at SFU](https://morinlab.github.io/team/)

نیازمندی

مقدار	نام
-	cython
-	seaborn
-	scipy
-	fisher
-	sortedcontainers
-	configobj
-	packaging
-	pyfaidx
!=0.15.3	pysam
==0.22.1	scikit-learn
-	scikit-bio
-	numpy

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.5	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl Dellingr-0.9.5:

pip install Dellingr-0.9.5.whl

نصب پکیج tar.gz Dellingr-0.9.5:

pip install Dellingr-0.9.5.tar.gz