معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Python package for DMseg: detecting differential methylation regions in DNA methylome data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	DMseg-1.0.2
نام	DMseg
نسخه کتابخانه	1.0.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	James Dai, Kevin Wang
ایمیل نویسنده	<jdai@fredhutch.org>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/DMseg/
مجوز	MIT

### DMseg: detecting differential methylation regions (DMRs) in methylome This is a Python package to search through methylome-side CpGs sites for DMRs between two biological conditions. The algorithm executes the following analysis steps: 1. A linear regression model is fitted to the beta values for each CpG, using the user-input covariates: the first variable is the group label of interest. 2. Nominal p-values from individual CpG associations are used to define the DMR: more than or equal to two consecutive CpGs with p-value <0.05 will be considered as candidate DMR. A likelihood ratio statistic (LRT) is computed for a candidate DMR. 3. Group labels will be permuted for `B` times, step `1` and `2` are repeated for each permuation dataset. Family-wise error rate is computed using the null distribution of LRT based on permutation. To install the package: ``` python -m pip install DMseg ``` To run the python package, one can first port in the package and the core function file `DMseg.py`, then call the pipeline function `DMseg_pipeline` ``` import DMseg from DMseg import DMseg result = DMseg.DMseg_pipeline(betafile, colDatafile, postionfile, maxgap=500, sd_cutoff=0.025, beta_diff_cutoff=0.05, zscore_cutoff=1.96, B=500, seed=1001) ``` The inputs for the function `DMseg_pipeline` are * `betafile`: the file location for the n x p matrix of methylation beta values (n is the number of samples, p is the number of CpG sites) * `colDatafile`: the file location for the covariates for regression analysis * `postionfile`: the file location for the chromosomal positions of CpGs * `maxgap` is the maximal base pairs between two adjacent CpGs that can be considered as within the same DMR * `sd_cutoff` is the minimal inter-sample standard deviation for a CpG to be considered for differential methylation * `beta_diff_cutoff` is the minimal mean differences between the two comparison groups for a CpG to be considered for differential methylation * `zscore_cutoff` is the minimal z-score for a CpG to be considered for differential methylation * `B` is the number permutations to compute family-wise error rate * `seed` is the seed for the random number generator when permuting the group labels

نیازمندی

مقدار	نام
-	pandas
-	numpy

نحوه نصب

نصب پکیج whl DMseg-1.0.2:

pip install DMseg-1.0.2.whl

نصب پکیج tar.gz DMseg-1.0.2:

pip install DMseg-1.0.2.tar.gz