معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Calculated coverage metrics from a GATK3 Depth Of Coverage file and a bedfile

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	CoverageCalculatorPy-1.0.1
نام	CoverageCalculatorPy
نسخه کتابخانه	1.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Chris Medway
ایمیل نویسنده	josephhalstead89@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/AWGL/CoverageCalculatorPy
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/CoverageCalculatorPy/
مجوز	-

# CoverageCalculatorPy Given i) a tabix indexed per-base 'depth of coverage' file (similar to generated in GATK3) and , ii) a bed file CoverageCalculatorPy will generate four text reports: - *.coverage* file containing the mean depth of coverage across each interval in the bedfile, and the percentage of bases which meet a given depth (default is 100x) across each interval. - *.totalcoverage* file containing the the same metrics above summerised over all intervals in the given bedfile. Summeries of adittional subsets of the input bedfile can be included using --groups (see below) - *.gaps* file contains intervals which do not meet the given depth of coverage threshold - *.missing* file contains intervals which do not have a corresponding coordinate in the 'depth of coverage' file, and therefore cannot be evaluated. ### Input Arguments -D/--depthfile path to tabix indexed depth-of-coverage file -B/--bedfile path to bedfile. Chromosomes must not be prefixed with 'chr' -d/--depth depth threshold for precentage horizontal coverage calculation (default: 100) -o/--outname output name to prefix on text reports (default: output) -O/--outdir directory to save output files to (default: current) -g/--groupfile path to groupfile (see below) ### Tabix indexing a GATK3 DepthOfCoverage file The 'depth of coverage' file must be tabix indexed. The first three columns of the depthfile must be; chromosome, coordinate and depth. A file generated in GATK3 can be indexed as follows: ``` sed 's/:/\t/g' <GATK depthOfCoverage file> | grep -v 'Locus' | sort -k1,1 -k2,2n | bgzip > <filename.gz> (on macOS) sed "s/:/$(printf '\t')/g" <GATK depthOfCoverage file> | grep -v 'Locus' | sort -k1,1 -k2,2n | bgzip > <filename.gz> tabix -b 2 -e 2 -s 1 <filename.gz> ``` ### Adding a groupfile The groupfile is a way of generating combined metrics across a number of intervals (i.e. combined across all exons in a gene). These metrics will appear in the *.totalcoverage* file. The groupfile must have a header (this will be included in the output), be a single column containing the same number of rows as the bedfile it will be analysed with.

نیازمندی

مقدار	نام
>=0.1	pytabix

نحوه نصب

نصب پکیج whl CoverageCalculatorPy-1.0.1:

pip install CoverageCalculatorPy-1.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz CoverageCalculatorPy-1.0.1:

pip install CoverageCalculatorPy-1.0.1.tar.gz