معرفی شرکت ها


ContactVis-0.1.6


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Contact map plotting for predicted protein residue-residue contacts.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل ContactVis-0.1.6
نام ContactVis
نسخه کتابخانه 0.1.6
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده M. Michel
ایمیل نویسنده guy.inkognito42@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/MMichel/contact-vis.git
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/ContactVis/
مجوز LICENSE.txt
========== ContactVis ========== Python package for simple protein residue-residue contact map plotting. The tool can be used from python like this:: #!/usr/bin/env python from contactvis import plot_contact_map plot_contact_map.plot_map(fasta_filename, contact_filename, factor, c2_filename='', psipred_horiz_fname='', psipred_vert_fname='', pdb_filename='', is_heavy=False, chain='', sep=',', outfilename='') Or from command line:: plot_contact_map.py [-h] [-o OUTFILE] [-f FACTOR] [--c2 C2] [--psipred_horiz PSIPRED_HORIZ] [--psipred_vert PSIPRED_VERT] [--pdb PDB] [--heavy] [--chain CHAIN] fasta_file contact_file To reproduce the different examples in the ``test`` folder run the following commands: Simple map of the given contact file with coloring according to contact probability:: python ../plot_contact_map.py sequence.fasta predicted.contacts -o cm_simple.pdf Comparison to contacts from the native PDB structure (pairwise CB-atom distance with 8Å cutoff):: python ../plot_contact_map.py sequence.fasta predicted.contacts -o cm_pdb.pdf --pdb native_structure.pdb Compare two different predicted contact maps to each other and to a native PDB structure and include secondary structure information along the diagonal (red: helix, blue: sheet):: python ../plot_contact_map.py sequence.fasta predicted.contacts -o cm_compare_pdb.pdf --pdb native_structure.pdb --c2 predicted.contacts2 --psipred_horiz psipred.horiz


نحوه نصب


نصب پکیج whl ContactVis-0.1.6:

    pip install ContactVis-0.1.6.whl


نصب پکیج tar.gz ContactVis-0.1.6:

    pip install ContactVis-0.1.6.tar.gz