معرفی شرکت ها

CloudReg-1.0.post2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.0.post2
1.0.1
1.0
1.0.post2
1.0.1
1.0

توضیحات

Automatic terabyte-scale cross-modal brain volume registration
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل CloudReg-1.0.post2
نام CloudReg
نسخه کتابخانه 1.0.post2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده ('Vikram Chandrashekhar, Daniel Tward',)
ایمیل نویسنده -
آدرس صفحه اصلی https://github.com/neurodata/CloudReg
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/CloudReg/
مجوز Apache License 2.0
# CloudReg [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/cloudreg/badge/?version=latest)](https://cloudreg.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) [![License](https://img.shields.io/badge/License-Apache%202.0-blue.svg)](https://opensource.org/licenses/Apache-2.0) [![DOI](https://zenodo.org/badge/204720122.svg)](https://zenodo.org/badge/latestdoi/204720122) ## `CloudReg` is a tool for cross-modal, nonlinear, image registration between arbitrary image volumes. - [Overview](#overview) - [Documentation](#documentation) - [System Requirements](#system-requirements) - [Installation Guide](#installation-guide) - [License](#license) - [Issues](#issues) - [Citing `CloudReg`](#citing-cloudreg) # Overview Quantifying terascale multi-modal human and animal imaging data requires scalable analysis tools. We developed CloudReg, an automated, terascale, cloud-based image analysis pipeline for preprocessing and cross-modal, non-linear registration between volumetric datasets with artifacts. CloudReg was developed using cleared mouse and rat brain light-sheet microscopy images, but is also accurate in registering the following datasets to their respective atlases: *in vivo* human and *ex vivo* macaque brain magnetic resonance imaging, *ex vivo* murine brain micro-computed tomography. Our extensive documentation (below) can enable deployment of this tool for many other datasets/research questions. # Documentation The official documentation with usage is at https://cloudreg.neurodata.io Please visit the [Run section](https://cloudreg.neurodata.io/run.html) in the official website for more in depth usage. # System Requirements ## Hardware requirements `CloudReg` requires only a standard computer with enough RAM to support the in-memory operations since the majority of work is run in cloud services. ## Software requirements ### OS Requirements `CloudReg` is tested on the following OSes and requires Python 3: - Linux x64 - macOS x64 # Installation Guide Please see [Setup](https://cloudreg.neurodata.io/setup.html) on the official website for detailed set up information. # License This project is covered under the Apache 2.0 License. # Issues We appreciate detailed bug reports and feature requests (though we appreciate pull requests even more!). Please visit our [issues](https://github.com/neurodata/CloudReg/issues) page if you have questions or ideas. # Citing `CloudReg` If you find `CloudReg` useful in your work, please cite the tool via the [CloudReg paper](https://www.nature.com/articles/s41592-021-01218-z#citeas) > Chandrashekhar, V., Tward, D.J., Crowley, D. et al. CloudReg: automatic terabyte-scale cross-modal brain volume registration. Nat Methods (2021). https://doi.org/10.1038/s41592-021-01218-z


نیازمندی

مقدار نام
- paramiko
- joblib
>=2.0.0 SimpleITK
- boto3
- tqdm
- awscli
- cloud-volume
- h5py
- scipy
- tinybrain
- tifffile
- imagecodecs


نحوه نصب


نصب پکیج whl CloudReg-1.0.post2:

    pip install CloudReg-1.0.post2.whl


نصب پکیج tar.gz CloudReg-1.0.post2:

    pip install CloudReg-1.0.post2.tar.gz