معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

CamoTSS: Detection alternative TSS in single cells

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	CamoTSS-0.1.5
نام	CamoTSS
نسخه کتابخانه	0.1.5
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	['Ruiyan Hou']
ایمیل نویسنده	ruiyan@connect.hku.hk
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/StatBiomed/CamoTSS
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/CamoTSS/
مجوز	Apache-2.0

============================================================ CamoTSS for alternative TSS analysis in single cells ============================================================ |pypi| .. |pypi| image:: https://badge.fury.io/py/CamoTSS.svg :target: https://pypi.org/project/CamoTSS/ Installation ============ You can install from this GitHub repository for latest (often development) version by following command line .. code-block:: bash pip install -U git+https://github.com/StatBiomed/CamoTSS In either case, add ``--user`` if you don't have the write permission for your Python environment. Quick start =========== Download test file =================== You can download test file from figshare_. .. _figshare: https://figshare.com/articles/dataset/CamoTSS_test_data/22641031 Here, you can download some large file include genome.fa, possorted_genome_bam_filtered.bam. Alternatively, you can also download the reference genome fasta file from Ensembl or Genecode or website of 10x Genomics. Run CamoTSS ============= Here are two modes in CamoTSS : **TC** and **CTSS**. You can run CamoTSS by using test file according to the following code. .. code-block:: bash #!/bin/bash gtfFile= $CamoTSS/test/Homo_sapiens.GRCh38.105.chr_test.gtf fastaFile = $download/genome.fa bamFile= $download/possorted_genome_bam_filtered.bam cellbarcodeFile=$CamoTSS/test/cellbarcode_to_CamoTSS CamoTSS --gtf gtfFile --refFasta fastaFile --bam bamFile -c cellbarcodeFile -o CamoTSS_out --mode TC Alternative TSS or CTSS detecting ================================= To identify alternative TSS usage or alternative CTSS usage, Brie2 (Huang & Sanguinetti, 2021) is recommend to be used. Here, we provide an example exploiting BRIE2 to detect alterntive TSS/CTSS usage. You can check it in our manual_. .. _manual: https://camotss.readthedocs.io/en/latest/runBRIE.html Detailed Manual ================ The full manual is here_, including: `Preprocess`_ `Run CamoTSS`_ `Detect alternative TSS/CTSS`_ .. _here: https://camotss.readthedocs.io/en/latest/index.html .. _Preprocess: https://camotss.readthedocs.io/en/latest/preprocess.html .. _Run CamoTSS: https://camotss.readthedocs.io/en/latest/run_CamoTSS.html .. _Detect alternative TSS/CTSS: https://camotss.readthedocs.io/en/latest/runBRIE.html Reference =========== Coming soon

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.5	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl CamoTSS-0.1.5:

pip install CamoTSS-0.1.5.whl

نصب پکیج tar.gz CamoTSS-0.1.5:

pip install CamoTSS-0.1.5.tar.gz