معرفی شرکت ها
COVERnant-0.3.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A tool to generate and manipulate coverage plots of high-throughput sequencing data.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | COVERnant-0.3.2 |
| نام | COVERnant |
| نسخه کتابخانه | 0.3.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Konrad U. Förstner |
| ایمیل نویسنده | konrad@foerstner.org |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/konrad/COVERnant |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/COVERnant/ |
| مجوز | ISC License (ISCL) |
COVERnant
=========
COVERnant is a tool for the generation and manipulation of coverage
files (currently in wiggle format) of high-throughput sequencing data.
The tool is currently in an **early development stage**.
COVERnant has several subcommands as its command line help shows:
::
$ covernant -h
usage: covernant [-h] [--version]
{ratio,extract,plot_matrix,bed_to_wig,rescale_wig} ...
positional arguments:
{ratio,extract,plot_matrix,bed_to_wig,rescale_wig}
commands
ratio Generate ratio plots of two alignment files in Bam
formar.
extract Extract coverage values from a wiggle file based on
coordinates in a bed file and generate a matrix.
plot_matrix Plot the content of the extracted coverage matrix.
bed_to_wig Converts Bed files to coverage files in wiggle formats
rescale_wig Multiplies each value of a wiggle file with a given
factor.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--version, -v show version
Subcommand ``ratio``
--------------------
::
usage: covernant ratio [-h] [--denominator DENOMINATOR_BAM_FILE]
[--numerator NUMERATOR_BAM_FILE]
[--output_prefix OUTPUT_PREFIX] [--paired_end]
[--window_size WINDOW_SIZE] [--step_size STEP_SIZE]
[--factor_numerator FACTOR_NUMERATOR]
[--factor_denominator FACTOR_DENOMINATOR]
[--keep_zero_coverage]
[--denominator_name DENOMINATOR_NAME]
[--numerator_name NUMERATOR_NAME]
[--ratio_name RATIO_NAME]
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--denominator DENOMINATOR_BAM_FILE
--numerator NUMERATOR_BAM_FILE
--output_prefix OUTPUT_PREFIX, -o OUTPUT_PREFIX
--paired_end Paired reads are treated as one fragment an the start
and end positions are used accordingly
--window_size WINDOW_SIZE
Window size for sliding window average calculation.
Must be an odd number. (Default is 1).
--step_size STEP_SIZE
Step size for sliding window average calculation.
Default is 1.
--factor_numerator FACTOR_NUMERATOR
A factor the numerator values are are multiplied with.
--factor_denominator FACTOR_DENOMINATOR
A factor the denominator values are are multiplied
with.
--keep_zero_coverage Also write coordinates that have a coverage of 0.
Default is to discard those.
--denominator_name DENOMINATOR_NAME
--numerator_name NUMERATOR_NAME
--ratio_name RATIO_NAME
Subcommand ``extract``
----------------------
::
$ covernant extract -h
usage: covernant extract [-h] [--output_prefix OUTPUT_PREFIX]
[--flip_reverse_strand]
[--matrix_alignment {left,center,right}]
[--window_size WINDOW_SIZE] [--step_size STEP_SIZE]
coverage_file coordinate_file
positional arguments:
coverage_file
coordinate_file
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--output_prefix OUTPUT_PREFIX
--flip_reverse_strand
Flip the coverage value list of entries located at the
minus strand
--matrix_alignment {left,center,right}
default is 'left'.
--window_size WINDOW_SIZE
Window size for sliding window average calculation.
Must be an odd number.
--step_size STEP_SIZE
Step size for sliding window average calculation.
Default is 1.
Subcommand ``plot_matrix``
--------------------------
::
$ covernant plot_matrix -h
usage: covernant plot_matrix [-h] [--output_file OUTPUT_FILE]
[--share_x_range] [--share_y_max]
matrix_file
positional arguments:
matrix_file
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--output_file OUTPUT_FILE
--share_x_range Use the same x range in all plots.
--share_y_max Use the same maximum y value in all plots.
Subcommand ``bed_to_wig``
-------------------------
::
$ covernant bed_to_wig -h
usage: covernant bed_to_wig [-h] [--output_prefix OUTPUT_PREFIX]
[--window_size WINDOW_SIZE]
نحوه نصب
نصب پکیج whl COVERnant-0.3.2:
pip install COVERnant-0.3.2.whl
نصب پکیج tar.gz COVERnant-0.3.2:
pip install COVERnant-0.3.2.tar.gz