معرفی شرکت ها


CIRI-long-1.1.0


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

circular RNA identification from Nanopore
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل CIRI-long-1.1.0
نام CIRI-long
نسخه کتابخانه 1.1.0
نگهدارنده ['Jinyang Zhang']
ایمیل نگهدارنده ['zhangjinyang@biols.ac.cn']
نویسنده Jinyang Zhang
ایمیل نویسنده zhangjinyang@biols.ac.cn
آدرس صفحه اصلی https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/CIRI-long/
مجوز MIT
## CIRI-long: circular RNA identifier using long-read sequencing data [![Build Status](https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long/actions/workflows/test.yml/badge.svg)](https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long/actions/workflows/test.yml) ![GitHub release (latest by date)](https://img.shields.io/github/v/release/bioinfo-biols/CIRI-long) [![The MIT License](https://img.shields.io/badge/license-MIT-orange.svg)](https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long/blob/master/LICENSE) ![GitHub All Releases](https://img.shields.io/github/downloads/bioinfo-biols/CIRI-long/total) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/ciri-cookbook/badge/?version=latest)](https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) Circular RNA Identification for Long-Reads Nanopore Sequencing Data ### Documentation Documentation is available online at [https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest](https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/CIRI-long_0_home.html#) ### Author Authors: Jinyang Zhang(zhangjinyang@biols.ac.cn), Fangqing Zhao(zhfq@biols.ac.cn) Maintainer: Jinyang Zhang ### Release Notes - version 1.1.0: Add convert_bed.py, update pyccs dependency, fixed bugs - version 1.0.3: Add output of circRNA isoform usage index, fixed bugs - version 1.0.2: Add fast mode for ccs detection and option for user-provided circRNA annotation - version 1.0.1: Fixed bug - version 1.0: First released version ### License The code is released under the MIT License. See the `LICENSE` file for more detail ### Citing CIRI-long > Zhang, J., Hou, L., Zuo, Z., Ji, P., Zhang, X., Xue, Y., & Zhao, F. (2021). Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long. Nature Biotechnology. https://doi.org/10.1038/s41587-021-00842-6


نیازمندی

مقدار نام
>=1.2.1 argparse
>=0.29.13 Cython
>=2.17 mappy
>=1.17.0 numpy
>=0.25.0 pandas
>=0.15.3 pysam
>=0.12.1 python-Levenshtein
>=0.21.3 scikit-learn
>=1.3.1 scipy
>=1.76 biopython
>=0.0.5 pyspoa
>=0.1.4 bwapy
>=1.3.9 edlib
>=1.1.0 pyccs


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>3.7.0 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl CIRI-long-1.1.0:

    pip install CIRI-long-1.1.0.whl


نصب پکیج tar.gz CIRI-long-1.1.0:

    pip install CIRI-long-1.1.0.tar.gz