معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Bioinfomatics File access tools

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	BioUtil-0.4.0
نام	BioUtil
نسخه کتابخانه	0.4.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Yu XU
ایمیل نویسنده	xuyu@genomics.cn
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/sein-tao/pyBioUtil
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/BioUtil/
مجوز	GPLv2

BioUtil ======== This is a collection of scripts and modules for bioinfomatics file access Modules, Classes, and Functions --------------------------------- xzFile, xzopen() access to various compressed files, currently recoganize gzip (.gz), bz2(.bz2), and bgzip(.bgz, .b.gz) from samtools package tsvFile, tsvRecord, tsv tab seperated file with named fields, user could also defined some preprocess functions for field reading and writing vcfFile, vcf vcf file access, depends on PyVCF_, yet provide a convinient and flexable interface samFile, sam sam file access, based on pysam_. pysam_ also provides interface for tabix (random access tsv file with genome positions), which could be access from BioUtil.sam fastqFile, fastaFile: fasta/fastq file IO. based on lh3 readfq_. cachedFasta fetch region sequence from large fasta file. This module is based on faidx through pysam_ pysam.FastaFile. *from v0.1.2*: old name fastaReader is deprecated as misleading with fastaFile reader faidx experimental, interface to pyfaidx_. Dependency ------------ - Python >= 3.4 - pysam_ >= 0.8.2 - PyVCF_ >= 0.6.7 - pyfaidx_ >= 0.4.7 Change Log ------------- v0.4 add logger class v0.3 change fasta/fastq Writter methods v0.2 add fastqFile, rename fastaReader to cachedFasta v0.1.1 add fastaReader v0.1.0 inital release, support xzFile, tsvFile, vcfFile, samFile and faidx Authors -------- Yu XU <xuyu@genomics.cn> Lisense -------- This module is under GPLv2 Lisense .. _pysam: https://github.com/pysam-developers/pysam .. _PyVCF: https://github.com/jamescasbon/PyVCF .. _pyfaidx: https://github.com/mdshw5/pyfaidx .. _readfq: https://github.com/lh3/readfq

نحوه نصب

نصب پکیج whl BioUtil-0.4.0:

pip install BioUtil-0.4.0.whl

نصب پکیج tar.gz BioUtil-0.4.0:

pip install BioUtil-0.4.0.tar.gz