معرفی شرکت ها
BioSequences-1.1.5
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Tools to analysis biology sequence
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | BioSequences-1.1.5 |
| نام | BioSequences |
| نسخه کتابخانه | 1.1.5 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Dragon |
| ایمیل نویسنده | 878173121@qq.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/Dragon-GCS/BioSequence |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/BioSequences/ |
| مجوز | GPL License |
# BioSequences
 
 
  
---
- [BioSequences](#biosequences)
- [关于本项目](#关于本项目)
- [安装](#安装)
- [pip 安装](#pip-安装)
- [下载源码安装](#下载源码安装)
- [示例](#示例)
- [加载序列信息](#加载序列信息)
- [序列基本操作](#序列基本操作)
- [贡献者](#贡献者)
- [致谢](#致谢)
---
## 关于本项目
**BioSequences**是一个集合了基本的常用的生物序列分析工具的包，旨在提高日常一些基本序列分析流程的工作效率，以及为大数据分析提供一些基础支持。
完整文档请看这里[Document](https://biosequences.readthedocs.io/)。
## 安装
### pip 安装
```ps1
pip install biosequences
```
### 下载源码安装
windows下需要安装``Microsoft VC++``编译工具, Linux 需要安装gcc或其他编译工具。
```ps1
git clone https://github.com/Dragon-GCS/BioSequences.git
cd BioSequences
python -m pip install BioSequences
```
## 示例
### 加载序列信息
`bioseq`可以从标准fasta格式的文件或NCBI/Ensemble数据库读取序列信息。当`fetch`方法的参数为列表时可以批量抓取目标序列。
```python
>>> from bioseq.utils import loadFasta, fetchNCBI, fetchENS
>>> sequence1 = loadFasta("/path/to/file.fasta")
>>> bsa = fetchNCBI("NP_851335.1")
>>> actin = fetchENS("ENST00000614376")
```
### 序列基本操作
``bioseq.RNA``，``bioseq.DNA`` 和 ``bioseq.Peptide`` 都继承自 ``bioseq.Sequence``，因此三者基本操作基本一致。
* 查看序列的基本属性
```python
>>> actin.GC, actin.length
(0.5, 102)
>>> actin.composition
{'A': 24, 'C': 18, 'G': 33, 'T': 27}
>>> actin.seq
'AGAAACTTTAGCATCTGGCTAGGAGCATCTGTGGTGGCTCACCTTTCTACCTATACGTGTGAGTGGGTGACCTGAGAGGAGTACGGTGAGCATATGAGGATG'
>>> round(bsa.weight, 1)
69334.4
>>> bsa.pI
6.805
>>> round(bsa.chargeInpH(7.4), 2)
-13.76
```
* DNA序列或RNA序列可以进行转录`transcript()`，DNA序列有`translate()`方法可以翻译为RNA序列。
还可以通过`bioseq.config.START_CODON`自定义起始密码子，以及通过修改`bioseq.config.CODON——TABLE`自定义密码子表。
```python
>>> from bioseq.config import START_CODON, CODON_TABLE
>>> actin.transcript()
>>> START_CODON[0] = 'AGA'
>>> actin.transcript()
[N-RNFSIWLGASVVAHLSTYTCEWVT-C]
>>> CODON_TABLE["AAC"] = "Y"
>>> actin.transcript()
[N-RYFSIWLGASVVAHLSTYTCEWVT-C]
```
* 两个相同类型的序列可以进行拼接
```python
>>> from bioseq import DNA
>>> dna1 = DNA("ATCG")
>>> dna2 = DNA("GCAT")
>>> dna1 + dna2
"5'-ATCGGCAT-3'"
>>> dna2 + dna1
"5'-GCATATCG-3'"
```
* 通过`mutation()`方法对序列进行修改
```python
>>> dna1.mutation("ATC", "GGG")
'GGGG'
>>> dna1.mutation(0, "AT")
'ATGG'
>>> dna1.mutation([0, 3], "C")
'CTGC'
```
* `Sequence`用C语言实现了`Needleman-Wunsch`全局比对和`Smith-Waterman`局部比对两种基本的序列匹配算法，可以用来快速比对序列（局部比对仅返回匹配的局部序列）。
```python
>>> DNA("GCATGCT").align("GATTACA")
('GCA-TGCT', 'G-ATTACA', -4.0)
>>> DNA("GCATGCT").align("GATTACA", 2)
('AT', 'AT', 4.0)
```
比对返回的前两个参数为比对后的序列，第三个参数为匹配得分，可以通过`bioseq.utils.printAlign()`来优化比对结果的显示。
```python
>>> from bioseq.utils import printAlign
>>> seq1, seq2, score = DNA("GCATGCT").align("GATTACA")
>>> printAlign(seq1, seq2)
1 GCA-TGCT
┃━┃━┃•┃•
1 G-ATTACA
```
可以通过修改`bioseq.config.AlignmentConfig`来修改匹配时的罚分，默认为`MATCH(2.0), MISMATCH(-3.0), GAP_OPEN: (-3.0), GAP_EXTEND(-3.0)`
```python
>>> from bioseq.config import AlignmentConfig
>>> AlignmentConfig.GAP_OPEN = -10
>>> DNA("GCATGCT").align("GATTACA")
('GCATGCT', 'GATTACA', -6.0)
```
## 贡献者
<a href="https://github.com/Dragon-GCS">
<img src="https://avatars.githubusercontent.com/u/54531807?v=4" alt="@Dragon-GCS" height="40" style="border-radius: 100%; border: 2px solid">
</a>
<a href="https://github.com/laxtiz">
<img src="https://avatars.githubusercontent.com/u/3883767?v=4" alt="@laxtiz" height="40" style="border-radius: 100%; border: 2px solid">
</a>
## 致谢
* [Read the Docs](https://readthedocs.org/)
* [Img Shields](https://shields.io)
نحوه نصب
نصب پکیج whl BioSequences-1.1.5:
pip install BioSequences-1.1.5.whl
نصب پکیج tar.gz BioSequences-1.1.5:
pip install BioSequences-1.1.5.tar.gz