معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

BioPro is a bioinformatics pipeline that predicts the functional targets of RNA-binding protein and the biological processes to which these functional targets contribute.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	BioPro-0.1.7
نام	BioPro
نسخه کتابخانه	0.1.7
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Tianqin Li, Zeyuan Zuo, Jui-Chia Chung, Serena Abraham, Snigdha Agarwal
ایمیل نویسنده	jacklitianqin@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Crazy-Jack/SuperdopeBioinformatics
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/BioPro/
مجوز	-

# Predicting Biochemical Pathways Involving Target RBP BioPro is a bioinformatics pipeline that processes and analyzes eCLIP data of RNA-binding proteins (RBP) to predict the functional targets of RBP and biological processes to which the functional targets of RBP contributes. BioPro pipeline cleans raw eCLIP data of a target RBP with Cutadapt and aligns the RNA sequence with STAR. Peak calling is then performed with PureCLIP. Then, based on the peaks, PRAS predicts the functional target genes of RBP and produces a ranked gene list. The pipeline then performs gene ontology (GO) analysis on the top percent ranked genes to predict the biological processes. ## Install ### Install via source code To install via source code, clone our github repo and run: ``` git clone https://github.com/Crazy-Jack/SuperdopeBioinformatics cd SuperdopeBioinformatics bash install.sh ``` ### Install via pip Or you can directly install our software from pip: `pip install BioPro` Our package can be found at: https://pypi.org/project/BioPro/ ## Attribution This project is created as a course project for 03-713 Bioinformatics Data Integration Practicum (Spring 2020). All memebers of our team contributed equally to the final product. Great thanks to Tianqin Li, Zeyuan Zuo, Jui-Chia Chung, Snigdha Agarwal and Serena Abraham. ## Maintainance Tianqin Li (tianqinl@andrew.cmu.edu) Carnegie Mellon University Pittsburgh, PA, 15213, US.

نحوه نصب

نصب پکیج whl BioPro-0.1.7:

pip install BioPro-0.1.7.whl

نصب پکیج tar.gz BioPro-0.1.7:

pip install BioPro-0.1.7.tar.gz