معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Clients to online biomedical resources, usually REST APIs.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	BioClients-0.2.8
نام	BioClients
نسخه کتابخانه	0.2.8
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Jeremy Yang
ایمیل نویسنده	jeremyjyang@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/jeremyjyang/BioClients
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/BioClients/
مجوز	-

# `BioClients` <img align="right" src="doc/images/BioClients_logo.png" height="120" alt="BioClients logo"> Python package for access to online biomedical resources, usually via REST APIs. Modules generally include `Client.py` for command-line use and `Utils.py` for integration into other code. With the advent of HTTP web services, first SOAP/XML and then mostly REST/JSON, many online APIs require very similar methods for data search, requests and transforms into usable formats, often TSV. ## Availability and installation Source at <https://github.com/jeremyjyang/BioClients>; releases available via `pypi.org`: <https://pypi.org/project/BioClients/> (`pip3 install BioClients`). However, current development snapshot recommended. ___(First download or clone.)___ ``` $ cd BioClients $ python3 setup.py install ``` ## Dependencies * Python 3.7+ * Python packages: `pandas`, `requests`, `urllib`, `json`, `xml`, `yaml`, `psycopg2`, `tqdm`, etc. ## Modules [__Allen__](doc/allen.md) • [__AMP-T2D__](doc/amp__t2d.md) • [__BindingDb__](doc/bindingdb.md) • [__BioGrid__](doc/biogrid.md) • [__Bioregistry__](doc/bioregistry.md) • [__BRENDA__](doc/brenda.md) • [__CAS__](doc/cas.md) • [__CDC__](doc/cdc.md) • [__CFDE__](doc/cfde.md) • [__Chem2Bio2RDF__](doc/chem2bio2rdf.md) • [__ChEBI__](doc/chebi.md) • [__ChEMBL__](doc/chembl.md) • [__ChemIdPlus__](doc/chemidplus.md) • [__ClinicalTrials.gov__](doc/clinicaltrials.md) • [__Disease Ontology__](doc/diseaseontology.md) • [__DisGeNet__](doc/disgenet.md) • [__DNorm__](doc/dnorm.md) • [__DrugCentral__](doc/drugcentral.md) • [__EMBL-EBI__](doc/emblebi.md) • [__EnsEMBL__](doc/ensembl.md) • [__FDA__](doc/fda.md) • [__Gene Ontology__](doc/geneontology.md) • [__GWAS Catalog__](doc/gwascatalog.md) • [__HUGO__](doc/hugo.md) • [__HumanBase__](doc/humanbase.md) • [__iCite__](doc/icite.md) • [__IDG__](doc/idg.md) • [__JensenLab__](doc/jensenlab.md) • [__LINCS__](doc/lincs.md) • [__MaayanLab__](doc/maayanlab.md) • [__Medline__](doc/medline.md) • [__MeSH__](doc/mesh.md) • [__MONARCH__](doc/monarch.md) • [__MyGene__](doc/mygene.md) • [__NCBO__](doc/ncbo.md) • [__OMIM__](doc/omim.md) • [__Open Targets__](doc/opentargets.md) • [__Panther__](doc/panther.md) • [__PDB__](doc/pdb.md) • [__PubChem__](doc/pubchem.md) • [__PubMed__](doc/pubmed.md) • [__PubTator__](doc/pubtator.md) • [__Reactome__](doc/reactome.md) • [__RXNorm__](doc/rxnorm.md) • [__STRINGDB__](doc/stringdb.md) • [__TCGA__](doc/tcga.md) • [__UMLS__](doc/umls.md) • [__UniProt__](doc/uniprot.md) • [__Wikidata__](doc/wikidata.md) • [__WikiPathways__](doc/wikipathways.md) Miscellaneous utilities: [__UTIL__](doc/util.md) ## Usage Example ``` $ python3 -m BioClients.pubchem.Client -h ``` ## Design pattern Generally each module includes command-line app `Client.py` which calls functions in a corresponding `Utils.py`, providing all capabilities by import of the module. Command-line apps not API clients are generally named `App.py`. Functions can write to an output file or return a Pandas dataframe (if output file unspecified). ## Data structures and formats, XML, JSON, and TSV BioClients is designed to be simple and practical, and XML, JSON and TSV are likewise simple in many respects, yet a great deal of conceptual and technological progress is reflected. XML and JSON can represent arbitrarily complex data objects, comprised of nested lists, dictionaries, and trees of primary types. TSV represents tables of rows and columns, related by common keys, reflecting the development of SQL and relational databases. Transforming JSON to TSV, as these clients generally do, projects data objects to tables useful for many applications (e.g. machine learning).

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl BioClients-0.2.8:

pip install BioClients-0.2.8.whl

نصب پکیج tar.gz BioClients-0.2.8:

pip install BioClients-0.2.8.tar.gz