معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Recognize bio-medical entities from a text corpus

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	Bio-Epidemiology-NER-0.1.3
نام	Bio-Epidemiology-NER
نسخه کتابخانه	0.1.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Deepak John Reji, Shaina Raza, Femi Shajan
ایمیل نویسنده	deepakjohn1994@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/dreji18/biomedicalNER
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/Bio-Epidemiology-NER/
مجوز	MIT

Bio-Epidemiology-NER is an Python library built on top of biomedical-ner-all model to recognize bio-medical entities from a corpus or a medical report | Feature | Output | |---|---| | Named Entity Recognition | Recognize 84 bio-medical entities | | PDF Input | Read Pdf and tabulate the entities| | PDF Annotation | Annotate Entities in a medical pdf report| ## Installation Use the package manager [pip](https://pip.pypa.io/en/stable/) to install Bio-Epidemiology-NER ```bash pip install Bio-Epidemiology-NER ``` This package has dependency over Pytorch, please install the required configuration from this link https://pytorch.org/get-started/locally/ ## Usage ## NER with Bio-Epidemiology-NER ```python # load all the functions from Bio_Epidemiology_NER.bio_recognizer import ner_prediction # returns the predicted class along with the probability of the actual EnvBert model doc = """ CASE: A 28-year-old previously healthy man presented with a 6-week history of palpitations. The symptoms occurred during rest, 2â€“3 times per week, lasted up to 30 minutes at a time and were associated with dyspnea. Except for a grade 2/6 holosystolic tricuspid regurgitation murmur (best heard at the left sternal border with inspiratory accentuation), physical examination yielded unremarkable findings. """ # returns a dataframe output ner_prediction(corpus=doc, compute='cpu') #pass compute='gpu' if using gpu ``` ## Annotate the entities in a Medical Report and export as pdf/csv format ```python # load all the functions from Bio_Epidemiology_NER.bio_recognizer import pdf_annotate # enter pdf file name pdffile = 'Alhashash-2020-Emergency surgical management.pdf' # returns a annotated pdf file pdf_annotate(pdffile,compute='cpu', output_format='pdf') #pass compute='gpu' if using gpu # returns a csv file with entities pdf_annotate(pdffile,compute='cpu', output_format='csv') #pass compute='gpu' if using gpu # return both annotated pdf and csv file pdf_annotate(pdffile,compute='cpu', output_format='all') #pass compute='gpu' if using gpu # if you come across any pdf issues, please install PyMuPDF 1.20.1 version ``` ## About This model is part of the Research topic "AI in Biomedical field" conducted by Deepak John Reji, Shaina Raza. If you use this work (code, model or dataset), Please cite us and star at: https://github.com/dreji18/biomedicalNER ## License [MIT](https://choosealicense.com/licenses/mit/) License

نیازمندی

مقدار	نام
-	transformers
-	nltk
-	pandas
==1.20.1	PyMuPDF

نحوه نصب

نصب پکیج whl Bio-Epidemiology-NER-0.1.3:

pip install Bio-Epidemiology-NER-0.1.3.whl

نصب پکیج tar.gz Bio-Epidemiology-NER-0.1.3:

pip install Bio-Epidemiology-NER-0.1.3.tar.gz