معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Complete Bacterial Genome Assembly and Annotation Pipeline

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	BacGenomePipeline-1.0.9
نام	BacGenomePipeline
نسخه کتابخانه	1.0.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Stephen Fordham
ایمیل نویسنده	sfstephenfordham@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/StephenFordham/BacGenomePipeline
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/BacGenomePipeline/
مجوز	MIT

BacGenomePipeline Complete Bacterial Genome Assembly and Annotation Pipeline Program developed by Stephen Fordham General Description BacGenomePipeline is a complete convenience bacterial genome assembly pipeline. Assembled and annotated bacterial genomes can be created with only raw reads as input! BacGenomePipeline can accept either fastq or gzipped fastq files. Relax and grab a coffee while BacGenomePipeline does the genomic heavy lifting. This pipeline filters raw reads to produce the best 500mb reads. The filtering process also places weight on read quality, to ensure small high quality reads are not discarded. This is considered vital to aid the recovery of small plasmids present within bacterial strains. Optionally, the user can run Nanostat to assess read quality metrics. The best reads are then assembled using the flye genome assembler with settings adjusted to help recovery of plasmids with an imbalanced distribution. Optionally, the assembly is then polished with one round of medaka-consensus polishing. The polished assembly is annotated using staramr which scans bacterial genome contigs against the ResFinder, PointFinder, and PlasmidFinder databases (used by the ResFinder webservice and other webservices offered by the Center for Genomic Epidemiology) and abricate and compiles a summary report of detected antimicrobial resistance and virulence genes. Additionally, BacGenomePipeline can be run in 4 modes. These modes include: Running the entire pipeline workflow --pipeline Running the pipeline using reduced memory by setting parameters for genome size and coverage for initial disjointings --pipe_red_mem Running a genome only assembly --assembly Running the annotation step on an pre-exisiing genome assembly in FASTA format. --annotation For usage instructions, run: BacGenomePipeline --help Currently BacGenomePipeline has been tested and runs on Linux OS. To run BacGenomePipeline, you must also install the following programs by running the following commands: conda install -c bioconda filtlong==0.2.0 conda install -c bioconda flye==2.8.1 conda install -c bioconda abricate==1.0.1 Change Log ========== BacGenomePipeline v.1.0.9 (20/02/21) ------------------- - BacGenomePipeline Usage instructions update - virulence gene detection added - pipeline option modes added

نحوه نصب

نصب پکیج whl BacGenomePipeline-1.0.9:

pip install BacGenomePipeline-1.0.9.whl

نصب پکیج tar.gz BacGenomePipeline-1.0.9:

pip install BacGenomePipeline-1.0.9.tar.gz