معرفی شرکت ها
BAMQC-0.6.5
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Quality control tools for NGS alignment file
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | BAMQC-0.6.5 |
| نام | BAMQC |
| نسخه کتابخانه | 0.6.5 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Ying Jin |
| ایمیل نویسنده | yjin@cshl.edu |
| آدرس صفحه اصلی | http://hammelllab.labsites.cshl.edu/software#BAMqc |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/BAMQC/ |
| مجوز | GPLv3 |
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/mhammell-laboratory/bamqc/master/doc/bamqc-icon.png
:width: 200 px
:alt: generated at codeology.braintreepayments.com/mhammell-laboratory/bamqc
:align: right
:target: http://codeology.braintreepayments.com/mhammell-laboratory/bamqc
BAMQC
=====
Version 0.6.5
`Github Page <https://github.com/mhammell-laboratory/bamqc>`_
`Pypi Page <https://pypi.python.org/pypi/BAMQC>`_
`MHammell Lab <http://hammelllab.labsites.cshl.edu/software>`_
Installation guide for BAMQC for from source installs
-----------------------------------------------------
`Source Code <https://github.com/mhammell-laboratory/bamqc/archive/0.6.4.tar.gz>`_
`Pypi <https://pypi.python.org/pypi?:action=display&name=BAMQC&version=0.6.5>`_
*Prerequisites:*
* `python2.7 <https://www.python.org/download/releases/2.7/>`_
* `R <https://www.r-project.org/>`_
* `corrplot <https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/>`_
* `GCC 4.8.1 or greater <https://gcc.gnu.org/gcc-4.8/>`_
While there are multiple methods of installing the prerequistes it may
help to look at (if using a yum based linux distro):
* `Devtoolset-3 <https://access.redhat.com/documentation/en-US/Red_Hat_Developer_Toolset/3/html/User_Guide/sect-Red_Hat_Developer_Toolset-Install.html>`_ for GCC compilers
* `IUS <https://ius.io/>`_ for Python2.7
* `Software Collections <https://www.softwarecollections.org/>`_ for collections of software (like devtoolset 3 or python)
* `rpmfinder <https://www.rpmfind.net/>`_ for searching rpms across mutliple systems
*Setup*
make sure that the GCC comiler is in your PATH
.. code:: bash
export PATH=/path/to/gcc:$PATH
make sure that python2.7 is is in your PYTHONPATH, for permance add it to your .bashrc
.. code:: bash
export PYTHONPATH=/path/to/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
There are three methods of installation of BAMqc, from source, setup.py, and from pypi, once prequistes are setup.
*From Source*
download source
.. code:: bash
wget https://github.com/mhammell-laboratory/bamqc/archive/0.6.4.tar.gz
tar xvfz bamqc-0.6.4.tar.gz
cd bamqc-0.6.4
run make on htslib
note: make sure to have -fPIC in your cflags ie: ``export CFLAGS="$CFLAGS -fPIC"``
.. code:: bash
cd src/htslib
make
run make
.. code:: bash
cd ../..
make
*From Setup.py*
.. code:: bash
python2.7 setup.py install
*From Pypi*
.. code:: bash
pip2.7 install BAMqc
Contacts
--------
Ying Jin: yjin@cshl.edu
Acknowledgements goes to
------------------------
#) Samtools and pysam contributors
#) Molly Hammell and members of her laboratory at Cold Spring Harbor Laboratory
#) Users' valuable feedback
Copying & distribution
----------------------
BAMQC is free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.
This program is distributed in the hope that it will be useful,
but *WITHOUT ANY WARRANTY*; without even the implied warranty of
*MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE*. See the
GNU General Public License for more details.
You should have received a copy of the GNU General Public License
along with BAMQC. If not, see `this website <http://www.gnu.org/licenses/>`_.
نحوه نصب
نصب پکیج whl BAMQC-0.6.5:
pip install BAMQC-0.6.5.whl
نصب پکیج tar.gz BAMQC-0.6.5:
pip install BAMQC-0.6.5.tar.gz