معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

The AsperaSRAgetter provides a easy way to download sequencing data from ENA by using Aspera.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	AsperaSRAgetter-2.1
نام	AsperaSRAgetter
نسخه کتابخانه	2.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Runjia Ji
ایمیل نویسنده	jirunjia@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/RunJiaJi/AsperaSRAgetter
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/AsperaSRAgetter/
مجوز	-

# AsperaSRAgetter AsperaSRAgetter provides an easy way to download sequencing data (fastq.gz format) from European Nucleotide Archive (ENA) by using Aspera. ## Installation AsperaSRAgetter has been distributed on [pypi](https://pypi.org/project/AsperaSRAgetter/). You can easily install AsperaSRAgetter through pip. AsperaSRAgetter depends on Aspera-CLI to retrive sequencing data from ENA. It is recommended to install Aspera-CLI [with Conda](https://anaconda.org/hcc/aspera-cli). ```shell # You may create a new invironment for AsperaSRAgetter, but this is optional conda create -n AsperaSRAgetter python=3.10 conda activate AsperaSRAgetter # Install AsperaSRAgetter using pip pip install AsperaSRAgetter # Install Aspera-CLI using conda conda install -c hcc aspera-cli ``` ## Workflow AsperaSRAgetter first inquiry for corresponding fastq.gz file report through [ENA filereport API](https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/). Sencondly, the MD5 hash value and ftp url of each fastq.gz files are then resolved from the report. Lastly, ftp url is then passed to Aspera transfer command `ascp` to download the fastq.gz file. The file reports will be stored as a `.tsv` table as records of the downloading process. All files' MD5 hash values are saved in `.md5` file which users can further verify the integrity of files. ![workflow](AsperaSRAgetter/static/workflow.png) ## Usage The command name of AsperaSRAgetter is **sragetter**. It accepts either one SRA accession or one TXT file containing multiple accessions (see the usage example below). Note that users need to provide the path of public key authentication file of Aspera-CLI (normally should be ENVIRONMENT_PATH/etc/asperaweb_id_dsa.openssh) ```bash usage: sragetter [-h] [-v] [-acc ACCESSION | -f FILE] -ssh SSH_KEY -o OUTDIR options: -h, --help show this help message and exit -v, --version Show SRAdownloader version number and exit -acc ACCESSION, --accession ACCESSION SRA data accession -f FILE, --file FILE TXT file with multiple SRA accessions -ssh SSH_KEY, --ssh-key SSH_KEY Public key authentication file provided by Aspera command line client download package as the 'asperaweb_id_dsa.openssh' file -o OUTDIR, --outdir OUTDIR Path to store the downloaded SRA data Usage ----------------- Download with one accession: $ sragetter --accession sra_accession --ssh-key sshkey_path.openssh --outdir outdir_path Download with TXT file containing multiple accessions: $ sragetter --file sra_accessions.txt --ssh-key sshkey_path.openssh --outdir outdir_path ``` ## Contact If you have any questions using AsperaSRAgetter, feel free to open an issue or contact me jirunjia@gmail.com.

نیازمندی

مقدار	نام
-	pandas
-	requests

نحوه نصب

نصب پکیج whl AsperaSRAgetter-2.1:

pip install AsperaSRAgetter-2.1.whl

نصب پکیج tar.gz AsperaSRAgetter-2.1:

pip install AsperaSRAgetter-2.1.tar.gz