معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Ampligone is a tool which accurately removes primer sequences from FastQ NGS reads in an amplicon sequencing experiment

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	AmpliGone-1.2.0
نام	AmpliGone
نسخه کتابخانه	1.2.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Florian Zwagemaker
ایمیل نویسنده	ids-bioinformatics@rivm.nl
آدرس صفحه اصلی	https://rivm-bioinformatics.github.io/AmpliGone/
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/AmpliGone/
مجوز	AGPLv3

[![CodeFactor](https://www.codefactor.io/repository/github/rivm-bioinformatics/ampligone/badge)](https://www.codefactor.io/repository/github/rivm-bioinformatics/ampligone) ![GitHub release (latest by date including pre-releases)](https://img.shields.io/github/v/release/RIVM-bioinformatics/AmpliGone?include_prereleases) ![GitHub](https://img.shields.io/github/license/RIVM-bioinformatics/AmpliGone) [![Build and release](https://github.com/RIVM-bioinformatics/AmpliGone/actions/workflows/release.yml/badge.svg)](https://github.com/RIVM-bioinformatics/AmpliGone/actions/workflows/release.yml) ![GitHub deployments](https://img.shields.io/github/deployments/RIVM-bioinformatics/AmpliGone/github-pages?label=Documentation%20deployment) [![Anaconda-Server Badge](https://anaconda.org/bioconda/ampligone/badges/installer/conda.svg)](https://anaconda.org/bioconda/ampligone) # AmpliGone AmpliGone is a tool which accurately finds and removes primer sequences from NGS reads in an amplicon experiment. In contrast to a lot of other primer-removal tools, AmpliGone does not actively look for primer sequences within the NGS reads. Instead, reads are trimmed based on primer sequence coordinates in relation to a given reference sequence. Additionally, AmpliGone is able to compensate for, and therefore properly clean, reads that start or end outside of a primer-region as this is a common occurrence in amplicon-based sequencing data. AmpliGone is build and tested with Nanopore and Illumina data (fastq) in mind and supports 'end-to-end', 'end-to-mid' and 'fragmented' amplicons to be cleaned. Please see [this page](https://rivm-bioinformatics.github.io/AmpliGone/latest/amplicon-types/) to learn more about this terminology. ## Installation instructions AmpliGone can be installed easily with [conda](https://anaconda.org/bioconda/ampligone) or [pip](https://pypi.org/project/AmpliGone/). Installation through conda is recommended. ### Installation with conda ```bash conda install -c bioconda ampligone ``` ### Installation with pip ```bash pip install AmpliGone ``` Please see the [documentation](https://rivm-bioinformatics.github.io/AmpliGone/) for more information as well as extended [installation instructions](https://rivm-bioinformatics.github.io/AmpliGone/latest/installation/) and [usage instructions](https://rivm-bioinformatics.github.io/AmpliGone/latest/user-guide/). AmpliGone is freely available under the [AGPLv3 license](https://www.gnu.org/licenses/agpl-3.0.en.html).

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl AmpliGone-1.2.0:

pip install AmpliGone-1.2.0.whl

نصب پکیج tar.gz AmpliGone-1.2.0:

pip install AmpliGone-1.2.0.tar.gz