معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A simple framework for representing biomolecular structure.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	AMPAL-1.4.0
نام	AMPAL
نسخه کتابخانه	1.4.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Woolfson Group, University of Bristol
ایمیل نویسنده	chris.wood@bristol.ac.uk
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/isambard-uob/ampal
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/AMPAL/
مجوز	-

# AMPAL A simple, intuitive and Pythonic framework for representing biomolecular structure. [![CircleCI](https://circleci.com/gh/isambard-uob/ampal/tree/master.svg?style=shield)](https://circleci.com/gh/isambard-uob/ampal/tree/master) [![Python Version](https://img.shields.io/badge/python-3.6-lightgrey.svg)]() [![MIT licensed](https://img.shields.io/badge/license-MIT-blue.svg)](https://github.com/isambard-uob/ampal/blob/master/LICENSE) ## Installation You can install AMPAL from pip: `pip install ampal` Or from source by downloading/cloning this repository, navigating to the folder and typing: `pip install .` AMPAL uses Cython, so if you're installing from source make sure you have it installed. ## Super Quick Start Load a PDB file into AMPAL: ```Python my_structure = ampal.load_pdb('3qy1.pdb') print(my_structure) # OUT: <Assembly (3qy1) containing 2 Polypeptides, 449 Ligands> ``` Select regions of the structure in an intuitive manner: ```Python my_atom = my_structure['A']['56']['CA'] print(my_structure['A']['56']['CA']) # OUT: <Carbon Atom (CA). Coordinates: (6.102, -4.287, -29.607)> ``` Then climb all the way back up the hierachy: ```Python print(my_atom.parent) # OUT: <Residue containing 9 Atoms. Residue code: GLU> print(my_atom.parent.parent) # OUT: <Polypeptide containing 215 Residues. Sequence: DIDTLISNNALW...> print(my_atom.parent.parent.parent) # OUT: <Assembly (3qy1) containing 2 Polypeptides, 449 Ligands> ``` This is just a quick introduction, AMPAL contain tonnes of tools for making complex selections and performing analysis. Take a look at the [docs](https://isambard-uob.github.io/ampal/) to find out more. ## Release Notes ## v1.4.0 * **Adds `get_ss_regions` to `ampal.dssp`.** This function can be used to extract all regions of a protein in a particular secondary structure. * **Fixes bug with DSSP `ss_region` tagging.** End residues used to be missed. ## v1.3.0 * **Adds an interface for NACCESS.** Functions for using NACCESS to calculate solvent accessibility. ### v1.2.0 * **Adds an interface for DSSP.** If you have DSSP on your computer and have the `mkdssp` command available on your path, you can use the `ampal.tag_dssp_data` function to add secondary structure information to the tags dictionary of the residues in your structure. * **Adds the `ampal.align` module.** Contains a simple class for aligning two `Polypeptides` using MMC. The simplest interface is the `align_backbones` function. * This is currently super inefficient and will be reimplemented. ### v1.1.0 * **Adds the centroid property to residues.**

نحوه نصب

نصب پکیج whl AMPAL-1.4.0:

pip install AMPAL-1.4.0.whl

نصب پکیج tar.gz AMPAL-1.4.0:

pip install AMPAL-1.4.0.tar.gz