معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

AMDirT: AncientMetagenomeDir Toolkit

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	AMDirT-1.4.3
نام	AMDirT
نسخه کتابخانه	1.4.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	-
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/SPAAM-community/AMDirT
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/AMDirT/
مجوز	GNU-GPLv3

[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.4003825.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.4003825) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/AMDirT.svg)](https://pypi.org/project/AMDirT) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/amdirt/badge/?version=dev)](https://amdirt.readthedocs.io/en/dev/?badge=dev) [![AMDirT-CI](https://github.com/SPAAM-community/AMDirT/actions/workflows/ci_test.yml/badge.svg)](https://github.com/SPAAM-community/AMDirT/actions/workflows/ci_test.yml) # AMDirT **AMDirT**: [**A**ncient**M**etagenome**Dir**](https://github.com/SPAAM-community/ancientmetagenomedir) **T**oolkit AMDirT is a toolkit for interacting with the AncientMetagenomeDir metadata repository of ancient metagenomic samples and ancient microbial genomes. This tool provides ways to validate AncientMetagenomeDir submissions, explore and download sequencing data for ancient microbial and environmental (meta)genomes, and automatically prepare input samplesheets for a range of bioinformatic processing pipelines. For documentation on using the tool, please see [How Tos](how_to/index), [Tutorials](/tutorials) and/or [Quick Reference](/reference). ## Install ### 1. With pip ```bash pip install amdirt ``` ### 2. With conda ```bash conda install -c bioconda amdirt ``` ### The latest development version, directly from GitHub ```bash pip install --upgrade --force-reinstall git+https://github.com/SPAAM-community/AMDirT.git@dev ``` ### The latest development version, with local changes - Fork AMDirT on GitHub - Clone your fork `git clone [your-AMDirT-fork]` - Checkout the `dev` branch `git switch dev` - Create the conda environment `conda env create -f environment.yml` - Activate the environment `conda activate amdirt` - Install amdirt in development mode `pip install -e .` - In some cases you may need to force update streamlit with `pip install --upgrade steamlit` To locally render documentation: - `conda activate amdirt` - Install additional requirements `cd docs && pip install -r requirements.txt` - Build the HTML `make html` - Open the `build/html/README.html` file in your browser ## More information For more information, please see the AMDirT Documentation - Stable: [amdirt.readthedocs.io/en/latest/](https://amdirt.readthedocs.io/en/latest/) - Development version: [amdirt.readthedocs.io/en/dev/](https://amdirt.readthedocs.io/en/dev/)

نیازمندی

مقدار	نام
-	click
-	pandas
-	tabulate
-	jsonschema
-	rich
-	streamlit
-	streamlit-aggrid
-	numpy
-	requests
-	colorlog

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.9	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl AMDirT-1.4.3:

pip install AMDirT-1.4.3.whl

نصب پکیج tar.gz AMDirT-1.4.3:

pip install AMDirT-1.4.3.tar.gz