معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Analysis and Inter-comparison of Gene Ontology functional annotations

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	AIGO-0.1.0
نام	AIGO
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Michael Defoin-Platel
ایمیل نویسنده	michael.defoinplatel@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	http://pypi.python.org/pypi/AIGO/
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/AIGO/
مجوز	LICENSE.txt

=========== AIGO =========== AIGO is a python library for the Analysis and the Inter-comparison of Gene Ontology functional annotations. see (http://code.google.com/p/aigo). Created by Michael Defoin-Platel on 21/02/2010. Copyright (c) 2010. All rights reserved. Typical usage could look like this:: #!/usr/bin/env python from AIGO import logger from AIGO.ReferenceSet import RefSet from AIGO.FunctionalAnnotation import FuncAnnot from AIGO.go.OBO import readGOoboXML from AIGO.Analyse import AnalyseFA from AIGO.Report import ReportFA from AIGO.utils.Execute import batchExecute refSet = RefSet(organism="platypus", fileName="platypus.refSet", refType="Text") G = readGOoboXML("go_daily-termdb.obo-xml") FA = FuncAnnot("platypusProject", refSet, G, organism="platypus") FA.read("platypus.gaf", "GAF") analyseFA = AnalyseFA() analyseFA.largestSet([FA]) logger.info("Largest sets of annotations:") logger.info("\t%d for %s" % (FA['largestSet']['All_aspects_of_GO'], FA.name)) batchList=["coverage", "richness", "numberAnnot", "redundancy", "specificity", "informationContent"] batchExecute(batchList, analyseFA, [FA]) reportFA = ReportFA(outDir=None, name="platypusProject", organism="platypus") reportFA.printStatistics([FA] ,batchList) Tests ===== Run testAIGO.py in the tests directory Requirements ============== Running AIGO on windows ------------------------- * The 2.6.5 Python interpreter for Windows page http://www.python.org/download. * GTK+ runtime (recommend bundle), PyGTK, PyCairo? and PyGObject http://www.pygtk.org/downloads.html * BioPython? http://biopython.org/wiki/Download * NumPy? http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy * matplotlib http://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/matplotlib/matplotlib-1.0 * xlwt http://pypi.python.org/pypi/xlwt Optional : * wxPython http://www.wxpython.org/download.php#binaries * psyco http://sourceforge.net/projects/psyco/files * RPy http://sourceforge.net/projects/rpy/files Contributors ============ * Michael Defoin-Platel * Matthew Hindle

نحوه نصب

نصب پکیج whl AIGO-0.1.0:

pip install AIGO-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz AIGO-0.1.0:

pip install AIGO-0.1.0.tar.gz