معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Accurarate amplicon alignment to gene consensus

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	A2G-2020.0.1
نام	A2G
نسخه کتابخانه	2020.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	jshleap
ایمیل نویسنده	jshleap@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/jshleap/A2G
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/A2G/
مجوز	GNU v3

# Amplicons to Global Gene (A2G2) This program implements the progressive algorithm to align a large set of amplicons to a reference gene consensus, or a large set of sequences to an amplicon consensus, based on a reference consensus. This program makes use of traditional multiple aligners such as MAFFT (default), and muscle, and can be extended to other aligners. ## Problem Some taxonomic assignment software require a set of align sequences, both in the query as in the reference. Projects such as those using environmental DNA (eDNA) or trying to assess wide diversity using metagenomics often have a hard time creating such alignments, because of memory and computational restrictions. Another observation is that massive alignments often introduce more gaps in the sequences, and force alignment of segments that should not align in that region. Here is where A2G2 will use a global to local alignment to avoid such issues, and retained the ungapped alignment of the amplicons. ## Basic usage A2G2 will give you help by: ```bash A2G -h ``` this should give you something like this: ```bash A2G version: 2020.0.1 Copyright 2020 Jose Sergio Hleap usage: A2G [-h] [--cpus CPUS] [--nowrite] [--out_prefix OUT_PREFIX] [--remove_duplicates] global_consensus local_consensus fasta positional arguments: global_consensus Sequence consensus of the global region, e.g. full COI local_consensus Sequence consensus of the local region, e.g. Leray fragment fasta fasta file with the focal sequences optional arguments: -h, --help show this help message and exit --cpus CPUS number of cpus to use --nowrite return string instead of writing --out_prefix OUT_PREFIX Prefix of outputs --remove_duplicates Keep or remove duplicated sequences ``` Then to run it, you can simply type: ```bash A2G global_target local_target query_file --cpus 10 --out_prefix prefix --remove_duplicates ``` With this command, you will use the `global_target` as the overall region, the `local_target` as the amplicon reference sequence to anchor the query sequences, and `query_file` contains your query sequences. Those are the required arguments. The optional arguments allow you to control the execution. `--cpus` allow you to provide the number of cpus to use. In the example, up to 10 cpus will be used. `--out_prefix`change the prefix of the outputs generated. Finally, the `--remove_duplicates` option will retain only unique sequences. If the `no_write` option is used, A2G2 will output the alignment to standard out, and other info to standard error. If you would like to pipe only the alignment, you can redirect the standard error to a null device: ```bash A2G global_target local_target query_file --cpus 10 --out_prefix prefix --no_write 2> /dev/null ```

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.3.3	scipy
>=1.16.3	numpy
>=0.22.0	scikit-learn
>=4.38.0	tqdm
>=1.75	biopython
>=0.25.3	pandas
>=0.14.0	joblib
>=2020.0.1	justblast
>=3.1.1	matplotlib
>=1.1.0	plyvel
>=0.5.8	pyfaidx
>=1.1.0	termcolor

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl A2G-2020.0.1:

pip install A2G-2020.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz A2G-2020.0.1:

pip install A2G-2020.0.1.tar.gz